Genes to annotate in E. coli

From GONUTS

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Don't bother editing this table - there are so many rows that it will kill the page. Daniel is working on this. Just pick a gene - you have a 1:700+ chance of picking the same gene as another team!

What are these?

The following table is a list of proteins that are likely to have a write-up on EcoCyc (a non-community editable E. coli resource),
but the information in the write-up might not have been converted to GO annotations yet (check though!)
Most of the write-ups have references, which means you don't have to hunt for corresponding papers

What is in the table?

First (vertical) column: Protein name in E. coli
Second column: has a suggested GO term (kind of like the annotations with the IEA evidence code) - these have been predicted by a computer program developed by Dr. Olivier Lichtarge's group @ the Baylor College of Medicine in Houston, TX.
Third column: Many of them also have comments or GO terms from 2 of the most experienced CACAO biocurators
Fourth column: A place to fill in your team name so that you can "claim" that protein to annotate
Fifth column (on some rows): Bren's mistake. Please ignore!

Suggested steps

Choose a protein from the table (and put your team's name in the row)
Search for the protein on EcoCyc
Click on the blue link for the protein information at EcoCyc (it will look like this: AceK protein page)
Read the Summary section & see if you can assign appropriate GO annotations on GONUTS for these proteins using some of the papers they cite.

Where to look for information & references: EcoCyc.org

Some hints

Gene names in E. coli (and lots of other bacteria) are 3-4 letters long, italicized & have the last letter capitalized.
- Example: lacZ
The corresponding protein is the same 3-4 letters, NOT italicized & have the first and last letters capitalized.
- Example: LacZ
Genes (and proteins) that start with a y are usually of unknown function, so don't bother trying to find literature for those.

List of Proteins in E. coli

Please edit the table/row & fill in your team name if you want to work on a particular protein.

Gene Name in E. coli	Predicted GO term from Dr. Lichtarge	GO term suggested by other experienced CACAO biocurators	Claimed by {Team Name}

Ggt	GO:0003840
AllA	GO:0004848	GO:0050385
AllB	GO:0004151	GO:0004038
AlsE	GO:0004750	GO:0034700
Amn	GO:0008930	GO:0008714
AraG	GO:0017111	GO:0042626
AroF	GO:0016765	GO:0008977
AroG	GO:0016765	GO:0008977
ArtP	GO:0017111	GO:0042626
AsnS	GO:0004815	GO:0004816
Atl	GO:0008168
AtoC	GO:0017111
AzoR	GO:0008752	GO:0050446
BacA	GO:0050380	no term found
BglF	GO:0016740	GO:0015573
BglG	GO:0016740	GO:0001072
Dcp	GO:0004222
DdpX	GO:0034701
DegQ	GO:0070008	GO:0004252
DegS	GO:0070008
DeoA	GO:0016763
DmlA	GO:0003862
DnaX	GO:0017111
Dps	GO:0016491
DsbB	GO:0016491
Edd	GO:0004160
EfeB	GO:0004601
EmtA	GO:0016798
Epd	GO:0004365	GO:0048001
EptA	GO:0008484
EpTB	GO:0008484	GO:0043838
FolX	GO:0004150	GO:0008719
Fsa	GO:0004801	GO:0097023
FsaB	GO:0004801	GO:0097023
FtsY	GO:0017111	GO:0005047
GarR	GO:0004616	GO:0008679
GatY	GO:0004332	GO:0009025
GlnS	GO:0004818	GO:0004819
GlyS	GO:0004814	GO:0004820
GmhB	GO:0004401	GO:0034200
Gor	GO:0004148	GO:0004362
GspE	GO:0017111	GO:0042623
GuaA	GO:0016740	GO:0003921 orGO:0003922
HemA	GO:0004764	GO:0008883
HemN	GO:0004109	GO:0051989
HisF	GO:0016829	GO:0000107
Hpt	GO:0052657	GO:0004422 (almost)
HslU	GO:0017111	GO:0008233
HyaC	GO:0016491	"GO:0008901, ecocyc does not give exact function (hydrogenase)."
HycF	GO:0050136	GO:0033748 ecocyc does not give exact function (hydrogenase 3).
HyfB	GO:0008137	GO:0008863
HyfD	GO:0008137	GO:0008863
HyfF	GO:0008137	GO:0008863
HyfG	GO:0008901	GO:0008863
HyfH	GO:0050136	GO:0008863
HyfI	GO:0008137	GO:0008863
HypF	GO:0003998	GO:0016743
IscS	GO:0008483	GO:0031071
IspH	GO:0051745	GO:0046429
KatE	GO:0004096	GO:0004325
KbaY	GO:0004332	GO:0009025
LolD	GO:0017111	GO:0042954
LpTB	GO:0017111	GO:0015221
LysS	GO:0004824	GO:0006430
LysU	GO:0004824	GO:0006430
MalX	GO:0016740	GO:0005355
RibB	GO:0003935	Term was rendered obselete.
RluC	GO:0016853
RluD	GO:0016853
Rnr	GO:0016787
RpoN	GO:0016740
RraA	GO:0016740	GO:0008428
RuvB	GO:0017111
SpeB	GO:0004053
Sra	GO:0016616
SseA	GO:0004792	"close, is nearest cousin"
SufS	GO:0008483
TauD	GO:0016614
TdcD	GO:0016740
TdcE	GO:0008861
ThiH	GO:0016740
ThrA	GO:0016740
ThrB	GO:0016740
Tmk	GO:0016740
TreB	GO:0016740
TrpD	GO:0016829
TruC	GO:0016853
TtcA	GO:0016879
TtdA	GO:0004333
TtdB	GO:0004333
Ugd	GO:0016616
UlaD	GO:0004590
UmuC	GO:0016740
UshA	GO:0016788
Uup	GO:0017111
UvrB	GO:0016787
UxaB	GO:0016616
WcaE	GO:0016740
AldA	GO:0016491	GO:0004029
AldB	GO:0016491	GO:0008774
AllC	GO:0016810	GO:0047652
AllD	GO:0016491	GO:0009040
AmpC	GO:0008800	GO:0033251
AmyA	GO:0016787	GO:0004556
AnmK	GO:0016740
AppC	GO:0016491
Apt	GO:0016763	GO:0003999
AraB	GO:0016740	GO:0008741
ArcB	GO:0016740	GO:0004673
ArgA	GO:0016740	GO:0004358
ArgB	GO:0016740	GO:0003991
ArgE	GO:0016810	GO:0008777
ArnC	GO:0016740
AroH	GO:0016765
AroK	GO:0016740	GO:0004765
AroL	GO:0016740	GO:0004765
ArsC	GO:0016491	GO:0030611
AscB	GO:0004553	GO:0008706
AslA	GO:0008484	GO:0004065
AspC	GO:0008483	GO:0004069
AstD	GO:0016491	GO:0004029
AtoA	GO:0016740
AtoB	GO:0016747	GO:0003985
AtoD	GO:0016740
AtoS	GO:0016740	GO:0004673
AvtA	GO:0008483	GO:0009042
BaeS	GO:0016740	GO:0004673
BarA	GO:0016740	GO:0004673
BasS	GO:0016740	GO:0004673
Bcp	GO:0016491	GO:0008379
BcsA	GO:0016740	GO:0016759
BcsZ	GO:0016787	GO:0004556
BetA	GO:0016614	GO:0008812
BeTB	GO:0016491	GO:0008802
BglA	GO:0004553	GO:0008706
BglB	GO:0004553	GO:0008706
BglX	GO:0004553	GO:0008422
BioA	GO:0008483	GO:0004015
BioC	GO:0008168	GO:0008757
BioF	GO:0016747	GO:0008710
DadA	GO:0016491
DapE	GO:0016810
DbpA	GO:0016787
DcuS	GO:0016740
DeaD	GO:0016787
DgkA	GO:0016740
DhaK	GO:0016740
DkgA	GO:0016491
DkgB	GO:0016491
Dld	GO:0016491
DmsA	GO:0016491
DnaB	GO:0016818
DnaG	GO:0016740
DnaN	GO:0016740
DpiB	GO:0016740
Dtd	GO:0016788
DusA	GO:0016491
DusB	GO:0016491
DusC	GO:0016491
EbgA	GO:0004553
EntD	GO:0016740
EnvZ	GO:0016740
EutD	GO:0016740	GO:0008959
EutE	GO:0016491
EvgS	GO:0016740		GO:0004673
FabA	GO:0016836	GO:0008693
FabB	GO:0016740	GO:0004315
FabF	GO:0016740	GO:0033817
FabH	GO:0004315	GO:0033818
FabI	GO:0016491	GO:0016631
FabZ	GO:0016836	GO:0019171
FadD	GO:0016874	GO:0004467
FadH	GO:0016491	GO:0008670
FadK	GO:0016874	GO:0003987
FadM	GO:0016787	GO:0016291
FbaB	GO:0016829	GO:0004332
Fbp	GO:0016787	GO:0042132
FdhF	GO:0016491	GO:0008863
FdnG	GO:0016491	GO:0008863
FdoG	GO:0016491	GO:0008863
FeaB	GO:0016491	GO:0008957
Fes	GO:0016787	GO:0008849
FldA	GO:0016491	GO:0050142
FldB	GO:0016491	GO:0050142
FolK	GO:0016740	GO:0003848
FrdA	GO:0016491	GO:0016627
FrdB	GO:0016491	GO:0000104
Fre	GO:0016491	GO:0008752
FrlD	GO:0016740	GO:0016301
FrmA	GO:0016491	GO:0051903
FrmB	GO:0016787	GO:0018738
FrsA	GO:0016787	GO:0016788
FruA	GO:0016740	GO:0022877
FruK	GO:0016740	GO:0008662
FrvA	GO:0016740	GO:0008982
FrvB	GO:0016740	GO:0008982
FrvR	GO:0016740	GO:0008982
FrwB	GO:0016740	GO:0008982
FrwC	GO:0016740	GO:0008982
FrwD	GO:0016740	GO:0008982
FryA	GO:0016740	GO:0008982
FryB	GO:0016740	GO:0008982
FryC	GO:0016740	GO:0008982
FtnA	GO:0016491	GO:0004322
FtnB	GO:0016491	GO:0004322
FtsE	GO:0017111	GO:0042626
FtsH	GO:0017111	GO:0004222
FtsK	GO:0017111	GO:0015616
FucK	GO:0016740	GO:0008737
FucO	GO:0016491	GO:0052661
GabD	GO:0016491	GO:0009013
GabT	GO:0008483	GO:0003867
GadA	GO:0016831	GO:0004351
GadB	GO:0016831	GO:0004351
GalF	GO:0016740	GO:0070569
GalK	GO:0016740	GO:0004335
GalM	GO:0016853	GO:0016857
GalT	GO:0016740	GO:0008108
GalU	GO:0016740	GO:0070569
GarD	GO:0016836	GO:0008867
GarK	GO:0016740	GO:0008887
GarL	GO:0016830	GO:0008672
GatA	GO:0016740	GO:0008982
GaTB	GO:0016740	GO:0008982
GatD	GO:0016491	GO:0008868
Gcd	GO:0016491	GO:0004344
GdhA	GO:0016491	GO:0004354
GhrA	GO:0016616	GO:0030267
GhrB	GO:0016616	GO:0030267
GlcD	GO:0016491	GO:0008891
GlcE	GO:0016491	GO:0008891
GlcF	GO:0016491	GO:0008891
GldA	GO:0016491	GO:0050216
GlgC	GO:0016740	GO:0008878
GlgP	GO:0004645	GO:0008184
GlgX	GO:0004553	GO:0004135
Glk	GO:0016740	GO:0004340
GlmM	GO:0016868	GO:0008966
GlnD	GO:0016740	GO:0070569
GlnE	GO:0016740	GO:0008882
GlnQ	GO:0017111	GO:0015599
GloA	GO:0016829	GO:0004462
GloB	GO:0016787	GO:0004416
GlpC	GO:0016491	GO:0004368
GlpK	GO:0016740	GO:0004370
GlrK	GO:0016740	GO:0004673
GltA	GO:0046912	GO:0004108
GlTB	GO:0016491	GO:0015930
GltD	GO:0016491	GO:0015930
GltL	GO:0017111	GO:0015426
GlvB	GO:0016740	GO:0008982
GlxK	GO:0016740	GO:0008887
Gmk	GO:0016740	GO:0004385
Gmm	GO:0016787	GO:0008727
GntK	GO:0016740	GO:0008673
GpmA	GO:0004619	GO:0046538
GpmM	GO:0004619	GO:0046537
Gpp	GO:0016818	GO:0008894
Gpt	GO:0016763	GO:0000310
Gsk	GO:0016740	GO:0008906
Gst	GO:0016740	GO:0004364
GsTB	GO:0016740	GO:0004364
GuaC	GO:0016491	GO:0003920
GuaD	GO:0016810	GO:0008892
HcaC	GO:0016491	GO:0008695
HcaD	GO:0016491	GO:0008860
HcaE	GO:0016491	GO:0008695
Hcp	GO:0016661	GO:0050418
Hcr	GO:0016491	GO:0003954
Hda	GO:0017111	GO:0016887
HelD	GO:0016787	GO:0043141
HemG	GO:0016491	GO:0070818
HemX	GO:0008168	"no evidence, butGO:0004851 suggested"
HisC	GO:0008483	GO:0004400
HisH	GO:0016763	GO:0000107
Hmp	GO:0016491	GO:0008941/GO:0004155
HolA	GO:0016740	GO:0003887
HrpA	GO:0016787	GO:0008026
HrpB	GO:0016787	GO:0008026- predicted
HsdM	GO:0008168	GO:0009008
HsdR	GO:0016787	GO:0004519
Hyi	GO:0016853	GO:0008903
IdnD	GO:0016491	GO:0050572
IdnK	GO:0016740	GO:0046316
IlvE	GO:0008483	GO:0004084
IspA	GO:0016740	GO:0033850
IspD	GO:0016740	GO:0050518
IspE	GO:0016740	GO:0050518
Kbl	GO:0016747	GO:0008890
KdgK	GO:0016740	GO:0008673
KdpD	GO:0016740	GO:0000155
KdsA	GO:0016765	GO:0008676
KdsB	GO:0016740	GO:0008690
KefF	GO:0016491	GO:0003960
KefG	GO:0016491	GO:0003959
KptA	GO:0016740	GO:0000215
LacA	GO:0016740	GO:0008870
LacZ	GO:0004553	GO:0004565
LdcA	GO:0016787	GO:0004180
LeuA	GO:0046912	GO:0003852
Lgt	GO:0016740	GO:0008961
Lhr	GO:0016787	GO:0008026
LipA	GO:0016783	GO:0016992
LipB	GO:0016740	GO:0033819
LldD	GO:0016491	GO:0004459
Lon	GO:0017111	GO:0004176
LpcA	GO:0016853	GO:0008968
LpxC	GO:0016787	GO:0008759
LpxD	GO:0016747	GO:0043764
LpxH	GO:0016787	GO:0008758
LpxK	GO:0016740	GO:0009029
LpxL	GO:0016740	GO:0008913
LpxM	GO:0016740	GO:0019107; need term for myristoyl-acyl carrier protein (ACP)-dependent acyltransferase
LpxP	GO:0016740	GO:0008951
LpxT	GO:0016787	GO:0050380
LsrA	GO:0017111	no term: Autoinducer-2 (AI-2) (furanosyl borate diester) ATPASE transmembrane transporter (GO:0042626)
LsrF	GO:0016829	GO:0016832
LtaE	GO:0016829
LysC	GO:0016740	GO:0004072
LyxK	GO:0016740	GO:0008744
Maa	GO:0016740	GO:0008925
MaeB	GO:0016616	GO:0046554
Mak	GO:0016740	GO:0019158
RffC	GO:0016740	I would like to find a better GO term for this but cannot find it
RffH	GO:0016740
RffM	GO:0016740	Cant find the proper go term but the one suggested is TB
RhaB	GO:0016740
RhlB	GO:0016787
RhlE	GO:0016787
RibF	GO:0016740
RihA	GO:0016787
RihB	GO:0016787
RihC	GO:0016787
RimI	GO:0016740
RimJ	GO:0016740
RimL	GO:0016740
RlmB	GO:0008168
RlmC	GO:0008168
RlmD	GO:0008168
RlmE	GO:0008168
RlmF	GO:0008168
RlmG	GO:0008168
RlmI	GO:0008168
RlmL	GO:0008168
RlmM	GO:0008168
RluA	GO:0016853
Rnc	GO:0004525
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